3. října 2006 nepodpořil jako jeden ze tří poslanců KDU-ČSL vládu Mirka Topolánka, následně připustil svoji možnou podporu budoucí vládě Jiřího Paroubka, pokud by tuto podporu vyjádřila celá strana.[8] V říjnu 2008 byl zvolen členem Zastupitelstva Jihomoravského kraje,[9] tuto funkci vykonával do října 2012. V srpnu 2010 usiloval o post náměstka hejtmanaJihomoravského kraje; po zjištění médií, že poslanecké náhrady použil na výstavbu rodinného domu, svoji kandidaturu vzdal.[10]
V letech 2000-2002 (odstoupil v souvislosti se jmenováním ministrem životního prostředí) a znovu od roku 2006 je předsedou Českého svazu ochránců přírody (ČSOP).
Aféry
2. listopadu 2004 urazil Ambrozek členy hospodářského výboru sněmovny. Některým šéfům velkých průmyslových podniků v České republice totiž napsal textovou zprávu ve znění: „Probíhá zákon o emisích. Poslanci hospodářského výboru se chovají jako čuráci. Je to horší než válečný stav. V podrobné rozpravě budou navrhovat celé seznamy pozměňováků, které převádějí veškeré kompetence na MPO (ministerstvo průmyslu a obchodu), Hojdar, Teplík, Schling, Petr, nepochybně všechno připraveno MPO nebo vámi. Seru na to, nenavrhnu zkrácení, zákon nebude ve Sbírce a po novém roce máte smůlu. Alokační plán v Bruselu zakážu Chmelíkovi obhajovat.“. To si nenechal líbit Josef Hojdar, předseda hospodářského výboru, který po premiérovi, kterým byl v tu dobu Stanislav Gross, požadoval Ambrozkovo odvolání.[11][12]