Skupinu Krabathor založil kytarista a zpěvák Petr "Christopher" Kryštof. Skupina se původně jmenovala Monster, později Hever, S.A.M. (Spolek Angažovaných Metalistů) a Bastr. Název Krabathor si zvolila podle postavy Krabat z německé pohádky Čarodějův učeň a v letech 1987-1990 měla název Krabator. Sestava kapely se v průběhu let měnila, její základ však po většinu času tvořila dvojice Christopher - Bruno. První koncert Krabathoru se uskutečnil 17. listopadu1988 v Praze v rámci festivalu Death Metal Session II.
V roce 1999 odešel kvůli osobním neshodám s Christopherem baskytarista Bruno, který založil deathmetalovou kapelu Hypnos. V tiskovém prohlášení uvedl:[1]
„Během roku 1999 se vyhrotily dlouhodobější názorové neshody mezi mnou a Christopherem ohledně současných a budoucích aktivit Krabathoru. Zdůrazňuji, že se nejednalo o neshody finanční ani stylové. Vše vyvrcholilo po ukončení evropského turné s Malevolent Creation a Master, kdy se navíc náš osobní vztah dostal do takového stádia, že jsme spolu přestali absolutně komunikovat a naše dlouholeté přátelství přestalo existovat. Krabathor již delší dobu postrádal kolektivního ducha a Christopherův individualismus byl, mírně řečeno, přehnaný. Po zjištění, že tato situace je do budoucna neúnosná a že je vyloučena jakákoliv naše spolupráce, jsem se rozhodl ustoupit a v červenci oznámil skupině svůj odchod s tím, že dodržím veškeré smluvní závazky do té chvíle potvrzené, tzn. do ukončení našeho říjnového domácího turné. Od léta jsem se tedy přestal podílet na veškerém dění v kapele, protože ani zdaleka neodpovídalo mým představám o profesionálně odvedené práci, a proto nechci být ani s tímto vývojem dáván do souvislosti...Domácí turné Krabathoru, Ritual Carnage a Sacralis bylo tím nejlepším turné, jaké jsem kdy v životě odehrál, i navzdory špatné atmosféře, která u nás panovala. V neposlední řadě chci poděkovat fanouškům za fantastickou účast na této šňůře i za morální podporu, která mi byla vyslovena. Doufám, že se opět brzy uvidíme.“
Bruna nahradil americký muzikant Paul Speckmann ze skupiny Master. Speckmann nahrál s Krabathorem dvě studiová alba, která však nesklidila takový ohlas jako desky z devadesátých let.
V roce 2003 kapela přerušila činnost, svůj zatím poslední koncert odehrála na festivalu Basinfirefest ve Spáleném Poříčí.[2] Christopher odjel pracovat do USA, Speckmann obnovil skupinu Master a bubeník Skull založil se svým bratrem formaci Bad Face.[2]
9. srpna 2014 kapela odehrála svůj jedinečný koncert na festivalu Brutal Assault v Jaroměři. Jejich vystoupení navštívily tisíce lidí.
Na základě četných žádostí fanoušků, odehráli v březnu 2015 7 koncertů po Česku a Slovensku pod názvem Krabatour 2015.[3] Původně bylo naplánováno koncertů 6, avšak vzhledem k velkému zájmu byl přidán ještě jeden koncert v Uherském Hradišti.
V únoru 2021 se na facebookovém účtu kapely Hypnos objevila informace o chystané nahrávce Krabathor. Bude se jednat o nově nahrané skladby z prvních tří demosnímků. Album "Demonizer / Mortal Memories II" vyšlo nakonec dne 30. dubna 2021 a obsahuje 17 skladeb z demo snímků z roku 1988, tj. "Breath of Death", "Total Destruction" a "Brutal Death".
