Divizi A se hrála stejně jako v minulé sezoně 16 klubů. Tento rok se Divize A zúčastní 9 loňských aktérů a 7 nováčků, kteří buďto postoupili z krajských přeborů nebo byli přeřazeni z Divize B nebo Divize C
Systém soutěže
Hrálo se 30 kol, každý klub se s každým soupeřem střetl 2x, jednou doma a jednou venku. Vítězný tým postoupil do ČFL, sestoupily poslední tři týmy (počet sestupujicích není každoročně předem znám, protože závisí na počtu klubů sestupujících z ČFL).
Kluby podle krajů
- Jihočeský : FK Slavoj Český Krumlov, Sokol Čížová, FC ZVVZ Milevsko, FC MAS Táborsko B, Malše Roudné.
- Plzeňský : FC Rokycany, FC Spartak Chrást, FK Tachov, SK Senco Doubravka.
- Praha : FC Přední Kopanina, SK Aritma Praha, FK Admira Praha.
- Středočeský : Sokol Nové Strašecí, SK Benešov, FK TJ Štěchovice, FK Hořovicko.
Kluby 2012-2013
Konečná tabulka