FAM76A
FAM76A jest protein koji je kod ljudi kodiran genom FAM76A sa hromosoma 1.[5] Značajne strukturne karakteristike FAM76A uključuju domen upredene zavojnicve od 83 aminokiseline, kao i četiri aminokiselinske poli-serinske kompozicione pristrasnosti.[6] FAM76A je konzerviran u većini hordata, ali nije pronađen kod drugih koljena Deuterostomia kao š, to su Echinodermata, Hemichordata ili Xenacoelomorpha – što sugerira da je u evolucijskoj lozi FAM76A nastao negdje nakon hordata. Nadalje, FAM76A nije pronađen u gljiva, biljaka, Archaea, ili Bacteria.[7] Predviđa se da će se FAM76A lokalizirati u jedru i može imati ulogu u regulaciji transkripcije.[8] Amiokiselininska sekvencaDužina polipeptidnog lanca je 307 aminokiselina, a molekulska težina 35.049 Da.[9]
GenLokacija Gensko susjedstvoGeni koji okružuju FAM76A na telomernoj strani uključuju IFI6, CHMP1AP1 i RPEP3, dok geni koji flankiraju FAM76A na centromernoj strani uključuju STX12, PPP1R8 i L0C105376894.[5] Uobičajeni aliasiU Caenorhabditis elegans, FAM76A se pominje kao K04F10.7. Kod Homo sapiens, gen FAM76A proizvodi devet različitih iRNK, od kojih je sedam alternativno prerađeno, a dvije neprerađene. Od alternativno prerađeih iRNK, izoforma 1 je najduža varijanta gena i predmet je ovog članka.[5] ProteinOpća svojstvaMolekulska težina FAM76A je 38,4 kDa, što omogućava ovom proteinu da difundira kroz jedarne pore.[10] Izoelektrična tačka je 9,28. FAM76A nema značajne pozitivne, negativne ili mješovite grupe naboja.Osim toga, FAM76A nema predviđene hidrofobne ili transmembranske segmente, što sugerira da se ovaj protein ne nalazi unutar ćelijske membrane.[11] KompozicijaSastav aminokiselina proteina FAM76A pokazao je učestalost aminokiselina unutar 1,5% od one normalnih ljudskih proteina za sve osim cisteina, valina i lizina. Cistein i lizin imaju veću učestalost u poređenju sa normalnim proteinom Homo sapiens, dok valin ima nižu učestalost u poređenju sa normalnim ljudskim proteinom. Iste razlike u frekvenciji aminokiselina vide se u ortolozima FAM76A, kao što su kog Gallus gallus (identitet sekvence H. sapiens 84%), Serinus canaria (identitet sekvence H. sapiens 77 %) i Crassostrea gigas (identitet sekvence H. sapiens 57%). Domeni i motivi Pretraga NCBI konzerviranih domena identificirala je nekarakterizirani konzervirani protein (YqiK) koji sadrži domen Band7/PHB/SPFH, čija je funkcija nepoznata i konzerviran je u različitim vrstama, od ljudi do bakterija.[12] U Homo sapiens, domen Band7/PHB/SPFH proteže se od 252-326 aminokiselina. Molekulska težina ovog domena je 8,9 kDa, a izoelektrična tačka 9,23. Domen Band7/PHB/SPFH nema frekventni sastav aminokiselina koji se razlikuje od normalnog proteina Homo sapiens.[11] Ovaj domen tek treba biti dodijeljen bilo kojoj natporodici domena. Sekundarna struktura Predviđa se da FAM76A ima samo alfa-helikse. Ukupno je predviđeno 17 alfa-heliksa, od kojih najduži sadrži domen Band7/PHB/SPFH.[13] Od ovoga, samo osa alfa-heliksa nalazi se unutar konzerviranih regiona FAM76A (vidi koncepnu translaciju). Tercijarna/kvaternarna strukturaFAM76A sadrži domen upredene zavojnice, unutar domena Band7/PHB/SPFH. Iz I-TASSER-a nisu predviđena značajna mjesta vezanja liganda ili aktivna mjesta.[14] Nema dokaza koji bi ukazivali na to da FAM76A stupa u interakciju s drugim proteinima kako bi formirao kvaternarnu strukturu. Subćelijska lokalizacijaAlat za predviđanje subćelijske lokalizacije proteina, PSORT II, predviđa da se FAM76A nalazi unutar jedra. Ovo predviđanje se opaža kod ortologa kao što su kod Gallus gallus i Callorhinchus milii.[15] Daljnji dokaz za lokalizaciju FAM76A u jedru pruža prisustvo signala jedarne lokalizacije.[8] EkspresijaPrema NCBI Geo Profilu, kod ljudi FAM76A je eksprimiran u paratiroidnim žlijezdama, limfnim čvorovima, jednjaku i koštanoj srži. Faze razvoja u kojima se otkriva ekspresija FAM76A uključuju tijelo embriona, fetus i odrasle osobe.[16] Moždani atlasPredviđanja Allenovog atlasa ljudskog mozga za ekspresiju FAM76A su prikazana ispod. Čini se da FAM76A ima veću ekspresiju unutar moždane kore i nižu ekspresiju u dijelovima reptilskskog mozga kao što je pontine tegmentum (pogledajte tabelu ekspresije za više detalja).[17]
Eksperimentalni podaciIzabrani podaci iz tri eksperimenta koji uključuju FAM76A prikazani su ispod. U jednom eksperimentu, prekomjerna ekspresija CLDN1 u ćelijama adenokarcinoma pluća smanjila je ekspresiju FAM76A.[18] U drugom eksperimentu, pokazalo se da ćelije raka prostate neosjetljive na androgene imaju smanjenu ekspresiju FAM76A u poređenju sa osjetljivim na androgene.[19] Treći eksperiment pokazao je da da ćelije oocita metafaze II imaju veću ekspresiju FAM76A u poređenju sa kontrolnim ćelijama.[20]
Regulacija ekspresijePredviđeno je da će FAM76A biti podvrgnut raznim posttranslacijskim modifikacijama. Posttranslacijske modifikacije pronađene u konzerciranim regijama uključuju sedam mjesta fosforilacije, dva mjesta sumoilacije i jwdaN signal jedarne lokalizacije.[21] Ove modifikacije ukazuju da je FAM76A lokaliziran na jedru. Pogledajte koncepnu translaciju za vizualni prikaz gore navedenih modifikacija.
PromotorGenomatrixov ElDorado program predviđa promotor za FAM76A koji se zove GXP_71042 i ima 679 baznih parova. Nalazi se na hromosomu 1, počevši od bp 27,725.479 i završavajući na bp 27,726.157. GXP_71042 preklapa se sa početkom kodne sekvence FAM76A. Postoji nekoliko faktora transkripcije koji se vezuju za ovaj promoter. Mnogi transkripcijski faktori koji se vezuju za promotorsku regiju FAM76A imaju funkciju koja se bavi krvnim ćelijama, imunskim sistemom i bijelim krvnim zrncima (leukocitima) —što možda sugerira da je FAM76A uključen u imunskoj funkciji. Također se čini da najčešće porodice matriksa uključuju cinkove prste C2H2 i mijeloidne cinkove prste, što sugeriše da ove matrične porodice mogu biti u velikoj meri uključene u transkripciju FAM76A.  Tabela mjesta vezanja transkripcijskih faktora RNK-vezujući proteiniUobičajeni proteini koji se vezuju za RNK unutar 3' UTR FAM76A uključuju PABPC1, ELAVL1 i PUM2—svaki sa predviđenom frekvencijom vezivanja od 32, 18, odnosno 16 puta.[22] Interaktivni proteiniUtvrđeno je da FAM76A ima fizičku interakciju sa ELAVL1. Interakcija je otkrivena imunoprecipitacijom koju su izveli Abdelmohsena et al., 2009.[23] ELAVL1 uključen je u regulaciju ekspresije gena. Homologija/evolucijaParaloziFAM76B je paralog FAM76A. Procjenjuje se da su se FAM76A i FAM76B međusobno divergirali prije oko 17,5 miliona godina.[5] Strukturne sličnosti koje su konzervirane između FAM76A/B uključuju domen upredene zavojnice kao i kompozicionu pristranost poliserina.[12] FAM76A and FAM76B both exhibit high expression in tissues such as lymph node, whole blood, testis, ovary, brain, kidney, liver, and lung.[24] FAM76B has about 62% sequence identity with FAM76A.[12] Ortolozi
Ovdje je prikazana tabela odabranog broja ortologa za FAM76A Homo sapiens. Uključuje blisko, srednje i udaljeno srodne ortologe. Pokazalo se da sisari imaju veću sličnost, dok vodeni kičmenjaci kao što su Actinoperygii/Chondrichthyes imaju manju sličnost. Ortolozi proteina FAM76A "Homo sapiens" navedeni su gore u opadajućem redoslijedu datuma divergencije, a zatim prema identitetu sekvence. EvolucijaFAM76A ima umjerenu stopu mutacije u poređenju sa fibrinogenim (brzo mutirajući) i citohromom c (sporo mutiranje).[7][25] Ovo sugerira da je FAM76A bio barem donekle otporan na mutacije tokom evolucije.  Klinički značajPridružene bolestiEkspresija FAM76A je najveća kod tumora nadbubrežne žlijezde, tumora jednjaka i tumora mehkog/mišićnog tkiva.[5][26] Pokazalo se da povećanje/gubitak broja kopija FAM76A – zajedno sa susjednim genima – proizvodi štetne fenotipove. U jednom izveštaju o slučaju, pokazalo se da pacijent sa povećanjem broja kopija od 1p36.11-34.2 ima zastoje u razvoju.[27] Drugi pacijent, koji je imao povećanje broja kopija od 1p36.1-35, pokazao je slična kašnjenja.[28] U drugom izveštaju o slučaju, pacijent sa gubitkom broja kopija 1p35.3, tačnom lokacijom FAM76A, imao je makrocefaliju.[28] MSA, prikazan ispod i generiran pomoću Biology Workbench-a CLUSTALW, raspoređuje ortologe po prvom slovu roda, a zatim po prva dva slova vrste.[11] Postoje tri domena koja su visoko konzervirana među ortolozima. Dva od ovih domena imaju nepoznatu funkciju, dok je treći domen upredena zavojnica. Konzerviranost ovih regija je praćena unazad do Cryptosporidium parvum Iowa II, koji se odvojio od Homo sapiens prije 1724,7 miliona godina. Konzervirana regija 1 sadrži uglavnom polarne aminokiseline; konzervirana regija 2 sadrži i polarne i nepolarne aminokiseline; a domen upredene zavojnice sadrži uglavnom polarne aminokiseline.
Reference
Dopunska literatura
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
