Kereta api Mutiara Timur saat masih menggunakan rangkaian kereta stainless steel sebelum dimutasi ke Depo Kereta lain, meninggalkan Stasiun Surabaya Gubeng.
Kereta api Mutiara Timur pertama kali beroperasi pada 6 Maret 1972 pada rute Surabaya Kota–Banyuwangi pp dengan layanan kelas bisnis dan ekonomi. Pada masa-masa awal pengoperasiannya, kereta api ini dihela BB301, BB303, atau BB304 sebagai lokomotif dinas penariknya. Mulai 1996, layanan kelas kereta api ini diubah menjadi kelas bisnis dan eksekutif.
Mulai 15 Desember 2018, kereta api ini beroperasi menggunakan rangkaian kereta baja nirkarat buatan PT INKA dengan perubahan layanan kelas menjadi kelas eksekutif dan ekonomi premium.
Sejak 10 Februari 2021, rute perjalanan kereta api Mutiara Timur diperpanjang sampai Yogyakarta dan hanya berjalan pada malam hari saja.[2] Sebagai akibatnya, kereta api ini lambat laun menjadi semakin kurang diminati oleh rata-rata penggunanya. Selain itu, tarif tiketnya menjadi relatif lebih mahal dibandingkan dengan tiket kereta api lain yang melintas di jalur yang sama, yaitu Kereta api Wijayakusuma, yang notabene jarak tempuhnya justru lebih jauh.
Mulai akhir Maret 2022, rangkaian kereta api Mutiara Timur kembali menggunakan rangkaian berbahan mild steel sekaligus mengalami perubahan layanan kelas lagi menjadi kelas eksekutif dan ekonomi plus seperti halnya rangkaian Kereta api Jayabaya. Hal ini karena rangkaian kereta baja nirkarat tersebut dimutasi ke depo-depo kereta lain yang membutuhkan, seperti Depo Kereta Yogyakarta, Sidotopo, Bandung, dan Jakarta Kota.
Setelah hampir dua tahun vakum, kereta api ini kembali dioperasikan selama berlangsungnya masa angkutan lebaran dan iduladha tahun 2024. Semula kereta api ini hanya terdapat layanan kelas ekonomi saja yang terdiri dari dua jenis sarana kereta kelas ekonomi, yaitu kereta kelas ekonomi Kemenhub berisi 64 tempat duduk yang mendukung penumpang disabilitas dan kereta kelas ekonomi new generation modifikasi berisi 72 tempat duduk.[3] Kemudian, sarana kereta kelas ekonomi Kemenhub digantikan dengan kereta kelas eksekutif.
Sejak 1 September 2024, layanan kelas kereta api ini kembali diubah menjadi kelas bisnis dan eksekutif dengan menggunakan sarana rangkaian kereta api Baturraden Ekspres yang dihentikan sementara operasionalnya. Rangkaian kereta api ini terdiri dari empat kereta kelas eksekutif, tiga kereta kelas bisnis, dan satu unit kereta makan dengan fasilitas pembangkit.
Stasiun pemberhentian
Sesuai grafik perjalanan kereta api tahun 2023 yang diterapkan mulai 1 Juni 2023, kereta api Mutiara Timur melayani pemberhentian penumpang di 15 stasiun berikut.
Stasiun terminus untuk perjalanan ke Banyuwangi pada jadwal siang dan sebaliknya pada jadwal malam.
Insiden
Pada 28 Juni1981 pukul 05.55 WIB, kereta api Mutiara Timur mengalami kecelakaan menjelang masuk Rogojampi. Rangkaian KA Mutiara Timur anjlok dan satu unit kereta BW terjatuh ke sungai.[4]
Pada 07 November1986, sekitar pukul 13.28 WIB, kereta api Mutiara Timur anjlok dan terguling sekitar 1 kilometer menjelang masuk Stasiun Tanggul. 3 penumpang mengalami luka berat dan 29 penumpang mengalami luka ringan. Pasca peristiwa tersebut, lintasan kereta sempat tertutup selama 2 hari.[5]
Pada 23 April2017 pukul 05.00, kereta api Mutiara Timur menabrak mobil di perlintasan Margorejo yang mengakibatkan tiga orang tewas.
Pada 31 Agustus2018, pukul 14.41, kereta api Mutiara Timur menabrak truk elpiji di perlintasan liar antara Stasiun Temuguruh dan Stasiun Singojuruh, Kabupaten Banyuwangi, yang mengakibatkan bodi lokomotif sisi kiri mengalami kerusakan. Sopir dan kernet mengalami luka-luka sehingga dibawa ke Puskesmas Singojuruh. Kejadian ini juga menyebabkan kereta api ini mengalami keterlambatan selama 160 menit.[7]
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh